Cas humain grave d'infection zoonotique chez le porc

Jun 08, 2023

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Au cours d'une surveillance de routine au Centre national de la grippe, au Danemark, nous avons détecté un virus zoonotique de la grippe porcine A chez un patient gravement malade. Nous décrivons le tableau clinique et la caractérisation génétique de ce virus variant, distinct d’un autre variant trouvé précédemment au Danemark.

Des infections humaines par les virus de la grippe porcine A (IAV) sont signalées sporadiquement (1–4). Une surveillance accrue a révélé une circulation importante des IAV porcins au sein des troupeaux de porcs et un réassortiment fréquent avec des IAV saisonniers humains (5). Malgré l’absence de transmission interhumaine soutenue des cas de variants d’IAV depuis la pandémie de grippe A(H1N1) de 2009, le potentiel zoonotique est préoccupant. Nous rapportons un cas d'infection humaine par un IAV d'origine porcine qui a entraîné une maladie grave chez une personne plus jeune, par ailleurs en bonne santé, employée dans un abattoir de porcs au Danemark. Ce cas a été détecté 10 mois après notre cas précédemment signalé (4). Le patient a donné son consentement éclairé pour la publication de ce rapport de cas.

Le 24 novembre 2021, une personne d'environ 50 ans a été hospitalisée après l'apparition aiguë d'une maladie caractérisée par des étourdissements dans la nuit du 23 novembre 2021, suivis de douleurs thoraciques, de douleurs irradiant vers le bras gauche, de diarrhée et d'un malaise qui apparu le lendemain matin, mais pas de fièvre. Le patient a appelé les secours médicaux d’urgence, qui sont arrivés peu de temps après. Pendant le transport en ambulance et à l'arrivée à l'hôpital, le patient a présenté des convulsions répétées et a été admis à l'unité de soins intensifs et mis sous ventilation mécanique pour gérer les convulsions et la réduction du niveau d'oxygène qui y est associée. Un examen clinique approfondi, tel que des analyses de laboratoire (c'est-à-dire des tests biochimiques, microbiologiques et immunologiques), des examens radiologiques multi-organiques et une électroencéphalographie (Annexe 1), n'ont identifié aucune maladie cardiovasculaire, rénale, neurologique ou autre qui pourrait expliquer la maladie grave et soudaine. Cependant, un échantillon trachéal prélevé et analysé au laboratoire de microbiologie local s'est révélé positif à l'IAV (Annexe 1). Aucun autre agent microbiologique n’a été détecté, notamment le SRAS-CoV-2 ou d’autres virus respiratoires, et le patient n’a présenté aucun signe de pneumonie. Le patient a reçu un médicament antiviral (oseltamivir) et divers traitements de soutien, et au cours des 2 jours suivants, l'état clinique s'est amélioré ; le patient est sorti peu après de l’hôpital.

Chiffre

Chiffre. Arbre phylogénétique de vraisemblance maximale du gène de l'hémagglutinine du virus de la grippe A provenant d'un patient au Danemark (A/Denmark/36/2021), de la souche vaccinale saisonnière et des souches étroitement apparentées. L'arbre comprend l'étui...

Les échantillons restants ont été soumis au Centre national danois de la grippe dans le cadre de la surveillance de routine de la grippe. L’échantillon a été confirmé positif à la souche pandémique H1N1 et a ensuite été analysé par séquençage du génome entier (annexe 1). Les séquences consensus pour le virus nommé A/Denmark/36/2021 ont été téléchargées sur GISAID (https://www.gisaid.org ; isolat n° EPI_ISL_8786194). WGS a confirmé le sous-type H1N1 ; cependant, le virus présentait une plus grande similitude avec les IAV porcins (Figure) qu'avec d'autres souches humaines. Les recherches BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) n'ont révélé aucune correspondance étroite avec les séquences IAV dans GenBank ou GISAID, mais une comparaison avec les séquences internes provenant de la surveillance passive des virus de la grippe chez les porcs de Le Danemark a révélé une similitude étroite avec les IAV porcins de 2021 (tableau). Les analyses phylogénétiques ont montré que la plupart des segments génétiques étaient liés au sous-type pandémique H1N1 (clade 1A3.3.2), tandis que la neuraminidase et les segments non structurels appartenaient au clade 1C de la grippe porcine eurasienne de type aviaire A(H1N1) (Figure ; Annexe 1, Figures 1– 7). En revanche, un autre virus variant découvert récemment au Danemark avait un segment non structurel du clade 1C, alors que les 7 autres segments génétiques étaient liés au clade 1A3.3.2 des virus pandémiques H1N1 (4).

Des entretiens approfondis avec le patient ont révélé une exposition professionnelle à des porcs dans un abattoir de porcs au Danemark, qui semble être le lieu d'infection le plus probable. Le patient a manipulé des porcs vivants, des carcasses et de la viande pendant le processus d'abattage tout en portant un équipement de protection comprenant des gants et une blouse, mais pas de masque facial. Le patient était auparavant en bonne santé, ne présentait aucune maladie sous-jacente ni déficit immunitaire et avait reçu le vaccin quadrivalent recommandé contre la grippe saisonnière en octobre 2021.